Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis bagaimana sistem akuntansi penggajian dalam rangka meningkatkan efektivitas pengendalian internal pada Kantor Badan Pengelolaan Keuangan Kota Banda Aceh. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif, yaitu suatu penelitian yang dilakukan dengan cara mengumpulkan data melalui wawancara dan observasi sesuai dengan keadaan yang sebenarnya.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa Sistem penggajian yang diterapkan pada Badan Pegelolaan Keuanga Kota Banda Aceh belum efektif yaitu dilihat pada penggunaan (SIMDA Gaji) yag belum digunakan sepenuhnya. Adanya pemisahan yang jelas pada tugas dan tanggungjawab setiap pihak yang terkait dengan sistem penggajian yang diterapkan oleh Badan Pengelolaan Keuangan. Pemisahan tugas dan tanggung jawab bertujuan supaya tidak terjadi rangkap jabatan dalam pelaksanaan tugas dan tanggungjawab masing-masing pihak yang terlibat sehingga tercapainya pengedalian internal yang efektif.